小麦全外显子捕获测序
外显子组测序(Exome Sequencing)是指利用靶向捕获技术将全基因组外显子区域捕获并富集后进行高通量测序的基因组分析方法。
通过高通量测序技术进行外显子组测序,能够直接发现与蛋白功能变异相关的遗传突变和直接对基因功能相关的编码序列进行研究,大大减少了测序费用。
相比于全基因组重测序,外显子组测序更加经济、高效、深入。
简化外显子组测序(cSNP-Sequencing)相对于基因芯片,能够提供更为完整的变异信息以及变异位点附近的序列信息,超高密度的标记数置,11万High Confidence基因覆盖,大于600K cSNP、InDel、CNV等变异检测。
小麦全外显子测序,全新260M/300M目标捕获区间设计,覆盖超过15万/16万个基因。
产品设计:
1、 基于IWGSC参考基因组及基因注释设计;基于AKS8基因组及注释设计。
2、 增加3000+份小麦转录组数据注释,包含所有组织及发育时期。
3、 增加20+份Pacbio三代全长转录本测序数据进行基因组注释。
4、 增加100+份LncRNA深度测序数据进行长链非编码基因注释。
捕获:
目标区域> 260M/300M 捕获基因数> 15万/16万
优化
1、深度基因区域覆盖,确保突变位点的真实性;
2、超冗余探针设计,保证目标区域有效捕获;
3、多重探针密度校正,保证捕获的均一性;
4、多重捕获技术,保证捕获样品的随机性。
样品准备
突变体群体、自然群体、组图群体材料
| 样品类型 | 数量要求 | 存放形式 |
样品要求 | 组织样品 | ≥2cm叶片 | 1.5mL 离心管 |
DNA样品 | ≥2μg DNA | 0.2mL EP管 |
BSA基因定位材料
质量性状群体,每个极端性状混池≥25个极端个体材料 |
数量性状群体,每个极端性状混池≥35个极端个体材料 |
| 样品类型 | 数量要求 | 存放形式 |
样品要求 | 组织样品 | ≥2cm叶片 | 1.5mL 离心管 |
DNA样品 | ≥2μg DNA | 0.2mL EP管 |
RNA样品 | ≥2μg 总RNA | 0.2mL EP管 |