转录组测序
1. 普通转录组测序
转录组是指某个物种或特定细胞在某一功能状态下产生的所有RNA的总和,包括mRNA和非编码RNA(Non-coding RNA)。目前研究较多的非编码RNA又包括:circRNA,miRNAs,及lncRNAs等。基于高通量测序平台的转录组测序技术能够全面获得物种特定组织或器官的转录本信息,从而进行基因表达水平研究、新转录本发现研究、转录本结构变异研究等。
北京嘉程生物科技有限公司的普通转录组测序主要针对mRNA和miRNAs。
2. 长链非编码RNA测序
长链非编码RNA测序(long non-coding RNA Sequencing,lncRNA Sequencing)。
长链非编码RNA是一类长度大于200 nt且不编码蛋白质的RNA(不含rRNA),广泛存在于各种生物体内。lncRNA参与表观遗传、转录以及转录后等多水平的调控过程,在生命活动中具有重要作用。lncRNA测序,使用高通量测序技术结合先进的生物信息学分析,一次性获得样本中几乎全部的lncRNA信息,为全面、深入地研究lncRNA的功能提供了全新的工具。
3. 三代全长转录组测序
三代全长转录组测序,即利用PacBio三代测序平台对某一物种的mRNA进行测序研究。它以平均超长读长10-15kb的优势、结合多片段文库筛选技术,实现了无需拼接的转录本分析,克服了传统二代转录组Unigene拼接较短、转录本结构不完整的缺陷,也由于其可直接获得单个RNA分子从5’端到3’端的高质量全部转录组信息。
目前基于PacBio的单分子实时测序技术,目前平均读长已经达到10Kb以上,最长可达80Kb,转录组测序不再需要组装,就可以直接得到全长转录本的信息。